Az onkológiai kezelések mellékhatásait számos tényező befolyásolja. Emiatt a kezelések megkezdésekor nem tudhatjuk biztosan, hogy egy adott páciensnél jelentkezik-e mellékhatás, illetve ha igen, milyen erős lesz. Legtöbb betegnél a szokásos mellékhatások jelentkeznek enyhébb vagy súlyosabb formában, máskor mellékhatás nem is jelentkezik. A gyógyszeres kezelések és a sugárkezelés mellékhatásai függnek a beteg életkorától, testsúlyától, a gyógyszer lebontási képességtől, általános fizikai állapotától, esetleges társbetegségeitől, az alkalmazott egyéb gyógyszerektől stb.
A kemoterápia jól ismert mellékhatásai a hányinger, hányás, hajhullás, a rossz közérzet és a gyengeség, fejfájás, hasi panaszok. Gyakoriak a vérkép problémák, amire a kezelőorvos külön figyelmet fordít. A különféle kemoterápiák mellékhatásai is különbözőek, és a felsorolt mellékhatások csupán néhánya jelentkezik egy-egy egyénnél. A mellékhatások kezelésére, enyhítésére különféle készítmények adhatók. Végső esetben a kemoterápiás gyógyszer dózisának csökkentése is megoldás lehet.
Az úgynevezett hormonterápia, endokrin terápia esetén a női nemi hormonszint csökkenésének tulajdonítható mellékhatások a következők lehetnek: hőhullám, ízületi panasz, csontritkulás, testsúlynövekedés, libidócsökkenés, vérzészavar, vérrögképződés, vérzsír szint emelkedés. A hormonterápia mellékhatásainak enyhítésére olykor gyógyszercserére, vagy a gyógyszer végleges elhagyására szorulhat a beteg. Máskor a mellékhatás pl. ízületi panasz, csontritkulás) speciális gyógyszerekkel enyhíthető.
A sugárkezelés enyhe helyi mellékhatásokkal járhat, de általános közérzet romboló hatása nincs. Mivel a besugárzás az operált mellre vagy esetenként annak környezetére irányul, a mellékhatás is ezen a testtájékon jelentkezhet bőrpír, mellfeszülés vagy duzzanat, bőrviszketés, érzékenység formájában.